mRNA detectie in FFPE coupes

RNAscope is een in situ hybridisatie techniek die het mRNA in weefsels aantoont door het gebruik van zeer specifieke target probes gecombineerd met chromogene detectie. PARTS biedt volledig geautomatiseerd RNA-ISH aan met het RNAscope systeem van ACD-Bio. Er zijn kant en klare probes uit de catalogus beschikbaar, maar ook zelf ontworpen probes zijn bruikbaar met dit systeem. Voor meer informatie of een offerte mail naar: parts@erasmusmc.nl

Schematische weergave van de RNAscope-assay
In stap 1 worden cellen of weefsels gefixeerd en gepermeabiliseerd om toegang voor de probe te maken.
In stap 2 worden target-specifieke oligonucleotide probes (Z) gehybridiseerd in paren (ZZ) tot meerdere RNA-targets.
In stap 3 worden meerdere signaalamplificatie moleculen gehybridiseerd, waarbij elk een specifieke target-probe herkent en elke unieke label probe wordt geconjugeerd aan een unieke fluorofoor of enzym.
In stap 4 worden signalen gedetecteerd met behulp van een fluorescentie of lichtmicroscoop.

Source: Wang et al. (2012) J. Molec. Diag. 14:22,
zie ook https://greenfluorescentblog.wordpress.com/tag/rnascope/
microRNA detection in FFPE sections

 

microRNA detectie in FFPE coupes

microRNA’s zijn kleine niet-coderende RNA-moleculen met een lengte van ongeveer 18-25 nucleotiden, die betrokken zijn bij post-transcriptionele genregulatie. microRNA’s zijn betrokken bij verschillende essentiële biologische processen, waaronder cel ontwikkeling, differentiatie en ziekten. microRNA’s zijn zeer weefselspecifiek en spelen een sleutelrol bij de differentiatie en instandhouding van de weefsel identiteit. De functie van de meeste miR’s is nog onbekend. Deregulatie van microRNA’s is in verband gebracht met de ontwikkeling en progressie van kanker. Bovendien zijn microRNA’s in veel studies geïdentificeerd als nieuwe diagnostische en prognostische biomarkers.

Recent is het mogelijk individuele microRNA’s te lokaliseren. Dit kan in formaline gefixeerd paraffine ingebed weefsel.

PARTS maakt gebruik de Ventana Discovery Ultra waarmee de microRNA ISH volledig is geautomatiseerd. Belangrijk is het gebruik van de juiste positieve en negatieve controles. Na een titratie van de specifieke probes wordt een gestandaardiseerd protocol gebruikt.

Voor meer informatie of een offerte mail naar: parts@erasmusmc.nl